Existují dva zdroje pro bílo-modro-červené barvy slovinské státní vlajky. Za národní etnický prapor Slovinsko přijalo kopii ruské vlajky, aby projevilo solidaritu s ostatními slovanskými národy v době napoleonských válek. Ještě dříve však svatý římský císař udělil erb „Korunní zemi Carniola“, který byl tehdy součástí říše. Na tomto erbu byl bílý štít nesoucí modrý orel s červeno-bílým kostkovaným půlměsícem na prsou. Dalším důležitým erbem ve slovinské historii byl ten, který používal kraj Celje - modrý štít se třemi žlutými hvězdami. Konečně, za komunistického režimu 20. století, měl erb Slovinska modré a bílé vlnité vodorovné linie, které naznačovaly jadranské pobřeží země, jakož i stylizovaná trojitá hora - nejvyšší slovinská, slavná Triglav.
Slovinsko vyhlásilo nezávislost 25. června 1991, ale muselo bojovat proti jugoslávské armádě, aby si zajistilo svrchovanost. Vlajkou vznesenou v Den nezávislosti byl tradiční bílo-modro-červený pan-slovanský trikolor. Aby se odlišil od podobných vlajek Ruska a Slovenska, byl do horního rohu zvedáku překrývající bílé a modré pruhy přidán nový znak Slovinska. Tento štít je kombinací Triglavu a vlnitých pruhů komunistických zbraní se žlutými hvězdami na modrém pozadí od Celjeho štítu.
