Než Kosovo vyhlásilo nezávislost 17. února 2008, nikdy nemělo politický status, který by mu umožňoval vlastní vlajku. Po druhé světové válce bylo Kosovo začleněno do socialistické Jugoslávie jako autonomní region (později autonomní provincie) Republiky Srbsko. Federální vláda schválila vlajky pouze pro několik jugoslávských republik, které ji tvoří. Etničtí Albánci žijící v Kosovu však nakonec mohli Albánskou vlajku plavit.
Kosovo zůstalo součástí Srbska po rozpadu socialistické Jugoslávie na počátku 90. let, ale separatistické hnutí v provincii získalo sílu během celé dekády. V roce 1998 podniklo Srbsko v Kosovu represivní opatření proti separatistům, kterým v roce 1999 čelila Organizace Severoatlantické smlouvy (NATO). Kosovo bylo postaveno pod správu OSN, která tam zůstala i po vyhlášení nezávislosti Kosova v roce 2008, dokud v roce 2009 do značné míry nenahradili úředníci Evropské unie (EU). Srbsko a řada dalších zemí zůstaly proti tomuto prohlášení nezávislosti.
Proběhla formální soutěž o výběr státní vlajky pro Kosovo. Mnoho příspěvků bylo založeno na designu albánské vlajky, ať už přímo nebo nepřímo. Zvolený model - ovlivněný vlajkou EU - učinil jasné prohlášení zdůrazňující Kosovo jako mnohonárodnostní zemi. Modré a žluté barvy vlajky EU byly použity pro pozadí vlajky a siluetu národního území, a kruh bílých hvězd vlajky EU byl rovnoběžný s obloukem bílých hvězd na kosovské vlajce. Hvězdy měly údajně představovat šest dominantních etnických skupin v zemi (Albánci, Bosniaci, Gorani, Romové, Srbové a Turci). Obyvatelé etnických Albánců a Srbů v Kosovu však nadále využívali své státní vlajky.
