Ačkoli tam byly secesionistické hnutí, když to bylo součástí Kolumbie během 19. století, tam byla žádná uznaná panamská vlajka. V roce 1903, kdy senát Kolumbie odmítl navrhovanou smlouvu se Spojenými státy americkými, která by zajistila výstavbu panamského průplavu, pomohli Američanům hnutí za nezávislost Panamanian a vznikla Panamská republika.
Zpočátku byl navržen návrh vlajky, který využíval barvy kolumbijské vlajky. Skládalo se ze stejných vodorovných pruhů červené a žluté s modrým kantonem nesoucím dvě spojená žlutá slunce, symbolizující spojení obou polovin planety budoucím Panamským průplavem. Vlajkový design, který byl nakonec vybrán, se stal oficiálním 4. července 1904; to bylo rozděleno čtvrtletně dvěma hvězdami. Přisuzovanou symbolikou byla střídání dvou hlavních politických stran ve vládě (původně červená byla pro liberály, modrá pro konzervativce a bílá pro mír mezi nimi), i když barvy a hvězdy jasně naznačovaly vliv vlajky Spojené státy. Panamskou vlajku navrhl Manuel E. Amador, syn prvního prezidenta nové republiky.
