Třetí nádvoří
Baldachýnská brána Felicity vede na třetí nádvoří nebo do nejvnitřnějšího nádvoří, kde sídlí soukromé sídlo sultána a vnitřní palácová škola. Vstupovat mohl pouze sultán, členové jeho rodiny, jeho služebníci a příležitostný schválený návštěvník. Návštěvníci sultána mohli jít jen tak daleko do Komory posluchačů a čekalo se, že budou dodržovat přísné zvyky. Nemohli navázat oční kontakt ani přímo hovořit s sultánem, ale místo toho sklopili hlavy, vrhli oči dolů a promluvili s překladatelem sultána.
Předtím, než Murad III. Přestěhoval své sídlo do harému v 16. století, byly sultánovy byty umístěny na třetím nádvoří v budově, která se často nazývala Komora svatých relikvií. Jméno pochází z jeho role jako úložiště islámských relikvií, včetně pláště, meče a přídě proroka Muhammada, které byly získány, když Selim I. dobyl v Egyptě v roce 1517 dynastii Mamlūk a předal kalifát Ottomanům.
Na třetím nádvoří se nacházejí také koleje královských stránek, které byly součástí hierarchie služebníka sultána. Většina stránek byla přijata jako chlapci z dobyvaných křesťanských populací prostřednictvím systému devşirme, ve kterém byli chlapci ze svých rodin odstraněni jako forma daně nebo pocty. Poté, co dostali nová jména a byli přeměněni na islám, byli nejjasnějším chlapcům přiděleny specifické role a dostávali přísné vzdělání a zároveň vydělávali mzdy. Sledovali meritokracii a mohli dosáhnout tak vysokých pozic jako velkolepý vizier, ale mnoho mužů bylo ve 25 letech osvobozeno a vzalo si dívku z harému nebo dceru sultána. V kolejích královských stránek jsou nyní umístěny části císařských sbírek. Portréty sultánů jsou například umístěny v koleji soukromé komnaty a císařská skříň je v koleji aktivistů. Mnoho objektů v obou sbírkách předvádí dovednosti řemeslníků paláce, jakož i změny v technikách a módě. Diváci mohou vidět výrazný posun v šatech v 19. století, například skrz šatník a portrétní sbírku, když evropský vojenský oděv nahradil sultánův kaftan a fez nahradil turban.
Jednou z nejznámějších sbírek paláce jsou sbírky císařských šperků, umístěné v pavilonu dobyvatelů, také na třetím nádvoří. K fondům patří tzv. Spoonmakerův diamant, jeden z největších broušených diamantů na světě, a smaragd Topkapı Dagger, téma intrik v roce 1964, film capera Topkapi. Podobně jako ostatní části sbírky muzea, svědčí i kolekce šperků. k velkému bohatství Osmanské říše.
Střed třetího nádvoří zaujímá Knihovna sultána Ahmeda III., Která je bohatě vyzdobena jako mnoho palácových budov s malovanými dlaždicemi, vitrážovými okny a roletami s perleťovou a slonovinovou vložkou. Sbírka knih byla ve 20. století sloučena s ostatními palácovými knihami a přestěhována do mešity Aghas, která je největší mešitou v paláci a je umístěna sousedně. Sbírka paláce Topkapı zahrnuje vzácné rukopisy, ilustrované svazky a rané kopie Koránu, na které se všichni vědci mohou dívat ve studovně.
Čtvrté nádvoří
Třetí nádvoří sahá až do čtvrtého nádvoří, které se skládá převážně z řadových zahrad a pavilonů. Je domovem svěže zdobené obřízkové komory, pavilonu Bagdád a Jerevanského pavilonu. Jednou z nejvýraznějších struktur čtvrtého nádvoří je kuriózní zlacený bronz Iftar Pergola, kde by sultáni zlomili půst, kdyby v létě padl Ramadán. Mnoho osmanských sultánů se zajímalo o květiny a zahradnictví a zahrady čtvrtého nádvoří jsou plné tulipánů, stejně jako by tomu bylo za osmanské vlády.
Harém
Harem byl obytnou částí sultánovy rodiny a byl přísně rozdělen podle pohlaví. V 16. století se stalo také sultánovou rezidencí, když zde Murad III nechal postavit byty. Stejně jako zbytek paláce byl harém neustále obnovován a rostl podle potřeby. Výsledkem je poněkud mazelské rozvržení a mnoho stylů architektury.
Pro vstup nebo výstup z harému museli obyvatelé projít dlážděným nádvořím černých eunuchů k hlavní bráně, nazývané také Královská brána. Černí eunuchové hlídali harém a pravděpodobně byli zakoupeni na otrokářských trzích v dobývaných zemích a kastrováni před pubertou. Stejně jako u královských stránek, eunuchové dostávali mzdy a následovali meritokracii, ale na rozdíl od těchto stránek bylo jen pár eunuchů osvobozeno. Okolo tohoto nádvoří byly jejich obytné místnosti, jakož i pokladní komora a škola princů.
Kolem hlavní brány je dlážděné nádvoří královny matky, největší a nejstřednější nádvoří harému. Královna matka byla středem moci v harému. Volala validním sultánem a byla hlavní manželkou, jejíž syn vystoupil na trůn. Měla také významný vliv na sultána, který se každé ráno zastavil ve svých centrálně umístěných bytech, aby ji informoval o státních záležitostech.
Sultánovy byty byly propojeny s královnou matkou přes bílou mramorovanou dvojitou hammam, tureckou lázeň. Jedna strana hammamu byla vyhrazena pro sultána a druhá pro ženy z harému. Zbytek sultánovy rezidence zahrnuje trůnní sál a tři privátní komory. Privy Room Murad III je nejstarší a nejlépe dochovanou budovou v harému a byl navržen jedním z nejslavnějších architektů Osmanské říše Sinanem. Klenutý prostor je komplikovaně zdoben İznikovými dlaždicemi a kaligrafií předvádějícími verše z Koránu. Další privátní místnost, nazvaná Ovocná místnost, byla přidána Ahmedem III a je netradičně vyzdobena jemně lakovaným ovocem a květinami.
V harému žili také sultánovi synové, dcery, bratři a sestry a obsadili jednu ze stovek pokojů harému. Například pavilony Twin byly pravděpodobně obytnými místnostmi synů sultána začínajících v 18. století.
Harem také obsahoval obytné místnosti pro služebnice, konkubíny a hlavní konzulátory sultána a pokoje byly přístupné prostřednictvím Galerie konkubiní mimo hlavní bránu. Mnoho z těchto žen přišlo jako dary nebo nákupy z otrokářského trhu, když byly mladé dívky, a stejně jako ostatní služebníci paláce následovali meritokracii. Při přijímání mezd a školení se chovali buď jako manželka na jedné ze stránek, nebo konkubína pro sultána. Pokud se rozhodne stát se konkubínou, mohla by mladá žena vystoupit z řad a získat lepší ubytování, v podstatě tak, kdyby porodila sultánovi dítě. Pokud by dítě bylo mužem, který vystoupil na trůn, konkubína by pak zaujala nejmocnější postavení harému jako královna matka. Většina dívek z harému však byla ve věku 16 nebo 17 let osvobozena a po jejich tréninku se provdala.
