Jako součást Trust Territory of Pacific Islands (TTPI) spravovaného Spojenými státy byl Palau pod vlajkami Spojených národů, Spojených států a Trust Territory. Místní touha po samostatném státě a vládě byla realizována 1. ledna 1981 a při této příležitosti byla zvednuta vlajka Palauanu. V roce 1979 se konala soutěž, jejímž výsledkem bylo více než tisíc návrhů; ten, který si vybral, byl vytvořen Blau Skebongem a byl schválen novou vládou 22. října 1980. Tato vlajka se dodnes používá.
Zlatý disk představuje Měsíc, který má zvláštní význam pro kulturu Palauanu. Úplněk je tradičně považován za nejlepší čas pro rybolov, výsadbu a další činnosti. Říká se, že dává místním lidem „pocit tepla, klidu, míru, lásky a vnitřní jednoty“. Pozadí vlajky není, jak se dalo očekávat, symbolem Tichého oceánu; spíš jde o „konečný průchod zahraniční správní správy z naší země“. Plnou nezávislost nebylo Palau dosaženo až v říjnu 1994, ale v té době nedošlo k žádné změně na vlajce. Původní vlajka z roku 1981 je zachována v muzeu Palau v hlavním městě Kororu. Vlajka Palauanu je v designu podobná vlajce Bangladéše, ale obě mají různé barvy a symboliku.
