Vedoucím tradičním symbolem Burundi byl starodávný buben Karyenda, který měl semidivinový status. Samotná mwami („vládce“) mohla interpretovat poselství Karyendy a přeměnit je v pravidla, kterými se řídí společnost. Karyenda byl tedy vybrán jako symbol státní vlajky, když se Burundi vynořil z belgické koloniální vlády. Byla také zobrazena rostlina čiroku, představující hlavní zemědělský produkt Burundi. Buben a rostlina se objevily na centrálním bílém disku vlajky povolené mwami 30. března 1962 a zvedly se 1. července, když byla dosažena nezávislost.
Na pozadí vlajky se objevil bílý slaný zápach, nápad, který si mohl vypůjčit z Belgie (španělského Nizozemska), jehož kříž Burgundska byl společným motivem vlajky ze 17. století. Bílá barva slané soli a centrálního disku symbolizovala mír. Zbývající oblasti byly pro boj o nezávislost a utrpení národa červené a zelené pro naděje na budoucí rozvoj. Poté, co byla monarchie v listopadu 1966 svržena, byl Karyenda z vlajky odstraněn. 28. června 1967 se stal oficiálním nový design, naposledy potvrzený dekretem ze dne 27. září 1982. Tři šesticípé hvězdy červené se zelenými okraji odpovídají národnímu heslu „Jednota, práce, pokrok“. Pro mnohé však nepochybně vzpomínají na tři hlavní etnické skupiny Burundi - Tutsi, Hutu a Twa - a na loajalitu, kterou se Burundianové kdysi zavázali svému bohu, králi a zemi.
