Nezávislost pro Střední Ameriku byla poprvé vyhlášena 15. září 1821, ale Mexiko ji poté utlumilo dva roky. Vlajka nově nezávislých sjednocených provincií Střední Ameriky byla přijata 21. srpna 1823 a sestávala z modro-bílo-modrých pruhů s národním erbem ve středu. Tyto zbraně obsahovaly v podstatě stejné konstrukční prvky, které dnes Nikaragua používá. I poté, co se pět členských států federace stalo nezávislými zeměmi, Nikaragua pokračovala ve zvedání staré vlajky. Nakonec byl v roce 1854 vybrán nový horizontální nikaragujský trikolor žlutobílého šarlatu, ale dlouho neletěl. Občanská válka a zásah severoamerických filibusterů (vojenských dobrodruhů) následně vyústily v zavedení několika vlajek a jejich rychlé nahrazení.
V roce 1908 byla stará vlajka federace znovu přijata jako národní prapor Nikaragui s příslušnými úpravami ve znaku. Tento základní design, s dalšími změnami erbu, byl znovu potvrzen zákonem ze dne 27. srpna 1971, ačkoliv červeno-černá horizontální dvojbarevná hnutí Sandinista byla de facto sekundární státní vlajkou během let Sandinistaovy vlády (1979) –90). Erb na vlajce zahrnuje trojúhelník pro rovnost, svobodu cap pro svobodu a pět sopek mezi dvěma oceány, což je symbol pěti původních středoamerických zemí mezi atlantickými a tichomořskými oblastmi.
