Když se Sověti dostali k moci v Západním Turkestánu, slibovali rovnost a rozvoj pro všechny etnické skupiny, získali Kyrgyzci v roce 1924 svůj vlastní autonomní region. V roce 1926 byl povýšen na status autonomní republiky a v roce 1936 se stal odborem republika v SSSR V roce 1953 Kirgiz SSR přijal upravenou verzi sovětského červeného praporu přidáním bílého okraje modrého vodorovného pruhu středem. Poté, co Kyrgyzstán vyhlásil nezávislost 31. srpna 1991, pokračoval v používání své sovětské vlajky až do 3. března 1992.
Pozadí nové vlajky, která se dodnes používá, je také červené, ale bylo řečeno, že pochází z vlajky nesené kyrgyzským národním hrdinou Manasem Noble. Uprostřed vlajky je žluté slunce se 40 paprsky, což odpovídá stoupencům Manase a kmenům, které spojil; jeho další symbolické atributy jsou světlo, šlechta a věčnost. Na tom slunci je červeno-žlutý znak se dvěma zkříženými sadami po třech řadách, všechny v kruhu. Toto je stylizovaný pohled na střechu tradičního kyrgyzského domu, jurty. Jen málo Kyrgyzů stále žije v jurtech, ale až do poloviny 20. století většina těchto kočovných lidí zakládala jurty kamkoli cestovali. Symbolický význam tohoto designu je propracovaný: vlajkový zákon hovoří o původu života, jednotě času a prostoru, historii kyrgyzského lidu, solidaritě, krbu a domova.
