První státní vlajka, přijatá v roce 1893 a navržená paní Edwardem H. Centerem, měla na lícní straně bílé pole nesoucí pečeť, název státu a 19 zlatých hvězd symbolizujících Minnesotu jako 19. stát, aby následovaly originál 13; zadní strana vlajky byla jasně modrá. Tato vlajka byla málo používána, zčásti proto, že její design nebyl snadno vyrobitelný v množství. 19. března 1957 byl založen nový design; pozadí vlajky, stejně jako mnoho jiných státních vlajek, bylo odteraz modré na obou stranách. Centrální design z původní vlajky z roku 1893 se objevil v kruhové podobě na obou stranách nové vlajky.
1. srpna 1983 byly provedeny úpravy ve státní pečeti. Dříve bylo indiánům v tuleni prcháno venkovské krajině, v níž farmář oral, zatímco jeho mušketový a prašanový roh ležel poblíž. Revidovaný design stále zahrnuje připojené indické a další symboly, ale vyhýbá se původnímu návrhu, že postup civilizace vyžaduje odchod původních obyvatel země. V pečeti zůstávají také znázornění vodopádů St. Anthony Falls, zapadajícího slunce a hranice květů střevíčku dámy spolu s daty prvního evropského osídlení v Minnesotě (1819), jeho přijetím do státnosti (1858) a adopcí první státní vlajky. Státní motto „L'Étoile du nord“ („Hvězda na severu“) je zobrazeno na červené stuze. (Před přijetím Aljašky do unie byla Minnesota nejsevernějším státem.)
