Bosna se svojí smíšenou etnickou populací nikdy nevyvinula vlastní národní symboly. Například za Jugoslávie vedené komunisty v letech 1946–1991-92 například Socialistická republika Bosna a Hercegovina jednoduše použila červený prapor s malou verzí jugoslávské národní vlajky v kantonu. V té době byla 3. března 1992 vyhlášena nezávislost, neexistovala žádná vlajka, která by byla přijatelná pro obyvatele Bosny, Srbů a Chorvatů. Vláda ovládaná Bosnou proto přijala to, v co doufala, že bude z dávné minulosti neutrálním symbolem. Vybral erb používaný králem Stjepanem Tomašem (vládl 1443–61), který připsal největšímu středověkému bosenskému vládci Tvrtku I. (1377–91). Tento modrý štít s bílým diagonálním pruhem oddělujícím šest zlatých fleurs-de-lisů byl umístěn uprostřed bílé vlajky. Umělecké ztvárnění, oficiálně přijaté 4. května 1992, vytvořil Zvonimir Bebek.
Tuto vlajku odmítlo mnoho Chorvatů a Srbů, když se národ dostal do občanské války. Mírové dohody podepsané v Daytonu v Ohiu v USA na konci roku 1995 uznaly rozdělení země mezi Srbskou republiku a Federaci Bosny a Hercegoviny, často nazývané Chorvatsko-muslimská federace. Každý stát měl své vlastní symboly a Chorvati nadále používali chorvatskou vlajku přednostně před federační vlajkou, ale vlajka republiky z roku 1992 byla stále mezinárodně uznávána.
Dohody z roku 1995 požadovaly eventuální vytvoření vlajky, která by nahradila design z roku 1992, ale vnitrostátní zákonodárce byl v tomto ohledu neúčinný. Organizace spojených národů tak vytvořila novou vlajku (4. února 1998), která nemohla být symbolicky spojena s jedinou etnickou, náboženskou nebo politickou skupinou.
