Roderick MacKinnon, (narozený 19. února 1956, Burlington, Massachusetts, USA), americký lékař, hlavní nositel Nobelovy ceny za chemii v roce 2003 za jeho průkopnický výzkum iontových kanálů v buněčných membránách. Cenu sdílel s Peterem Agre, také ze Spojených států.
MacKinnon získal titul MD na Tufts University School of Medicine v roce 1982. Poté, co několik let praktikoval medicínu, přešel k základnímu výzkumu, počínaje rokem 1986 postdoktorální prací na iontových kanálech na Brandeis University. V roce 1989 nastoupil na Harvardovu univerzitu av roce 1996 se přestěhoval na Rockefellerovu univerzitu jako profesor a vedoucí laboratoře. O rok později byl jmenován vyšetřovatelem v Rockefellerově Howard Hughes Medical Institute.
Obzvláště důležité pro nervový systém a srdce jsou iontové kanály specializovanými otvory v buněčných membránách, které umožňují iontům, jako je draslík a sodík, snadno proudit dovnitř a ven z buněk; podobné struktury také existují pro průchod vody. Průlomová práce MacKinnona se zaměřila na „filtry“ v kanálech, které procházely jedním typem iontů, zatímco blokovaly ostatní. Aby pochopil, jak tyto filtry pracují, získal ostřejší obraz kanálů pomocí rentgenové difrakce. V roce 1998 určil trojrozměrnou molekulární strukturu iontového kanálu. Kanál, objevený MacKinnon, má architekturu dimenzovanou tak, aby snadno odstranil draselné ionty - nikoli však sodné ionty - jejich přidružených molekul vody a umožnil jim proklouznout. Našel také molekulární „senzor“ na konci kanálu, který je nejblíže vnitřku buňky, který reaguje na podmínky kolem buňky a vysílá signály, které kanál otevírají a uzavírají ve vhodných časech. Jeho průkopnická práce umožnila vědcům sledovat vývoj léků na nemoci, v nichž hrají roli iontové kanály.