V 80. a 90. letech podstoupila Sixtinská kaple dlouhý a propracovaný restaurátorský program sponzorovaný japonskou televizní společností a prováděný špičkovými italskými a mezinárodními odborníky. Čištění odstranilo staletí špíny, prachu a svíčkového kouře z fresek a odhalilo nečekaně brilantní barvy, které částečně odporovaly slavným sochařským kvalitám Michelangelova mistrovského díla. Intenzivní diskuse - zahrnující desítky restaurátorů, historiků umění a odborníků v souvisejících oborech - obklopila projekt od samého začátku. Debata se soustředila na jeden hlavní problém: změnil Michelangelo, jako malíř dne freskami, své hotové fresky se secco (suchou) barvou po zaschnutí omítky? (Malíři Fresco to obvykle dělali jako prostředek k opravě chyb, zdokonalení svých prací a nanášení pigmentů, které nemohly tolerovat kontakt s vodou.) A pokud ano, nechal restaurátorský odstranění každé vrstvy až po freskovou omítku falšovat úmysly umělce ? V tomto případě se zdá, že stínování, opravy a lepidla odstraněná restaurátory byly výsledkem předchozích restaurátorských kampaní. Zatímco diskuse o restaurování Sixtinské kaple je stále diskutována, konzervátoři umění ji již nepovažují za problém.
