Taxonomické systémy
Taxonomie, věda o klasifikaci organismů, je založena na fylogenii. Časné taxonomické systémy neměly teoretický základ; organismy byly seskupeny podle zjevné podobnosti. Od roku 1859, kdy byla publikována kniha Charlese Darwina o původu druhů přírodními prostředky, je taxonomie založena na přijatých návrzích evolučního původu a vztahu.
Data a závěry fylogeneze jasně ukazují, že strom života je produktem historického procesu evoluce a že stupně podobnosti uvnitř a mezi skupinami odpovídají stupňům vztahu sestupem od běžných předků. Plně rozvinutá fylogeneze je nezbytná pro vymezení taxonomie, která odráží přirozené vztahy ve světě živých věcí.
Důkazy o specifických fylogeniích
Biologové, kteří postulují fylogeneze, odvozují své nejužitečnější důkazy z oborů paleontologie, srovnávací anatomie, srovnávací embryologie a molekulární genetiky. Užitečné jsou také studie molekulární struktury genů a geografického rozšíření flóry a fauny. Fosilní záznam se často používá k určení fylogeneze skupin obsahujících tvrdé části těla; používá se také k datování doby divergence druhů ve fylogeniích, které byly konstruovány na základě molekulárních důkazů.
Většina údajů používaných při fylogenetických úsudcích pocházela z komparativní anatomie a embryologie, i když jsou rychle překonána systémy konstruovanými pomocí molekulárních dat. Při porovnávání společných rysů různých druhů se anatomové pokoušejí rozlišit mezi homologiemi nebo podobnostmi zděděnými od společného předka a analogiemi nebo podobnostmi, které vznikají v reakci na podobné zvyky a životní podmínky.
Biochemická výzkumy prováděné ve druhé polovině 20. a na počátku 21. století přispěly k fylogenetickým studiím cennými údaji. Počítáním rozdílů v sekvenci jednotek, které tvoří molekuly bílkovin a molekul kyseliny deoxyribonukleové (DNA), vědci vymysleli nástroj pro měření míry, do jaké se různé druhy od té doby, co se vyvinuly ze společného předka, rozcházely. Protože mitochondriální DNA má ve srovnání s jadernou DNA velmi vysokou míru mutace, bylo užitečné navázat vztahy mezi skupinami, které se v poslední době rozcházely. V zásadě je aplikace molekulární genetiky na systematiku podobná použití radioizotopů v geologickém randění: molekuly se mění různým tempem, s některými, jako je mitochondriální DNA, rychle se vyvíjející a jiné, jako je ribozomální RNA, se vyvíjejí pomalu. Důležitým předpokladem při použití molekul pro rekonstrukci fylogeneze je výběr vhodného genu pro věk sledovaného taxonu.
