Gene Shoemaker, jménem Eugene Merle Shoemaker, (narozen 28. dubna 1928, Los Angeles, Kalifornie, USA - zemřel 18. července 1997, poblíž Alice Springs, N. Terr., Aust.), Americký astrogeolog, který - spolu se svou manželkou, Carolyn Shoemaker a David H. Levy - objevili kometu Shoemaker-Levy 9 v roce 1993.
Shoemaker získal bakalářský titul z geologie na Kalifornském technologickém institutu a doktorát na Princetonské univerzitě. Od roku 1948 do roku 1993 pracoval pro americký geologický průzkum (USGS) a poté pracoval jako emeritní vědec. V šedesátých letech založil astrogeologické odvětví USGS a následně jeho astrogeologické centrum v Flagstaffu v Arizonu. Byl známý tím, že pomohl potvrdit původ dopadu (spíše než sopečného původu) na místě nyní známém jako Meteor Crater v Arizoně a pro jeho práce s National Aeronautics and Space Administration (NASA) na měsíčních průzkumných misích.
Ačkoli nebyla vyškolena jako vědkyně, Shoemakerova manželka Carolyn se také aktivně zajímala o astronomii. Společně se stali úspěšným týmem pro objevování komet od začátku 80. let. Brzy devadesátá léta Carolyn měla 32 objevů komety k jejímu kreditu a Gene byl připočítán s 29. V březnu 1993 Shoemakers spojil se s lovcem komety Levy u Palomar Observatory v jižní Kalifornii identifikovat fragmentovanou kometu, později jmenoval Shoemaker-Levy 9, na oběžné dráze kolem planety Jupiter. V červenci 1994 se Shoemakers a Levy úzkostlivě dívali dalekohledem, aby sledovali několik hlavních fragmentů kometového pummel Jupitera a poskytovali velkolepou show pozorovatelům oblohy po celém světě.
Gene zemřel o tři roky později při autonehodě, zatímco pár byl v australské poušti studující nárazové krátery.
