Zdá se, že první skutečně státní vlajka Samoa byla přijata 2. října 1873. Červené pozadí neslo bílý kříž, který sahá až k okrajům vlajky, a bílou hvězdu v horním rohu výtahu. Symbolika není známa, ale kříže a hvězdy pravděpodobně zastupovaly křesťanství a nezávislost. Král Tamasese, který upřednostňoval Němce, kteří navštívili tuto oblast, později upravil státní vlajku umístěním černého kříže na bílou, čímž dal Samoa německo červeno-bílo-černé barvy. Tato vlajka se používala od roku 1886 do roku 1889, ale přestala se používat po smrti Tamasese. Spojené státy a Německo rozdělily ostrovy v roce 1900 a založily samostatné protektoráty, kde nebyly místní vlajky povzbuzovány.
Na počátku 20. století bylo bývalé německé území spravováno Novým Zélandem. Byla vyvinuta místní vlajka pro tyto ostrovy, která odrážela vlajku Nového Zélandu v jejích červeno-bílo-modrých barvách, souhvězdí Jižního kříže a designu pole a kantonu. Nová samoanská vlajka, představená 26. května 1948, byla červená se čtyřmi bílými hvězdami na modrém kantonu; 24. února 1949 byla přidána pátá hvězda. Jižní kříž byl oblíbeným znakem vlajky v jiných zemích jižní polokoule. Používá se například v Austrálii, na Novém Zélandu a v Brazílii. Na Samoanské vlajce se říká, že bílá stojí za čistotou, modrá za svobodu a červená za odvahu. Když se země stala 1. ledna 1962 nezávislou na národní vlajce.
