Africká strana za nezávislost Guineje a Kapverd (PAIGC) našla v těchto portugalských koloniích připravenou podporu pro její poselství o sociálním a ekonomickém pokroku prostřednictvím politické revoluce. V roce 1961 přijala vlajku poněkud podobnou vlajkám sousedních nezávislých zemí Guineje a Ghany, které pak diskutovaly o budoucí federaci západoafrických zemí. Ke svému panafrickému červeno-žlutému zelenému osvobozovací hnutí pro Guineji-Bissau přidalo na zdvihacím pruhu černou hvězdu. Tento pruh a hvězda geograficky odpovídal západnímu pobřežnímu regionu s jeho hlavním městem Bissau (od kterého byl odvozen národní název). Vodorovné pruhy ve zbývající části vlajky a jejich žluté a zelené barvy zhruba odpovídaly savanám na severu a lesům na jihu.
Oficiálně byla černá hvězda považována za symbol vedení PAIGC, jeho barva se vztahovala k africkému lidu a jejich odhodlání žít v důstojnosti, svobodě a míru. Žlutá byla interpretována jako symbol sklizně a plodů práce, jak v zemědělství, tak i jinak. Green si vzpomněl na obrovské džungle a zemědělské pozemky, které poskytovaly obživy velké většině občanů. Vlajka strany také zahrnovala iniciály PAIGC, vynechané, když byla nezávislost vyhlášena 24. září 1973. Portugalsko neuznávalo Guineji-Bissau nebo jeho vlajku až po vlastní revoluci v roce 1974; nicméně, hodně z Guiney-Bissau byl už pod kontrolou PAIGC a jeho vlajky. Cape Verde nakonec opustil marxistickou politiku PAIGC a změnil svou státní vlajku, ale Guinea-Bissau si zachovala původní design.
