Comayagua, město, západně centrální Honduras, na pravém břehu řeky Humuya v úrodném údolí.
Město bylo založeno v roce 1537 jako Valladolid de Santa María de Comayagua a sloužilo jako španělské koloniální hlavní město provincie Honduras. Variace jeho jména, Comayaguela, je používán pro vládní okres Tegucigalpa. To utrpělo škodu v 19. století politické otřesy Hondurasu a soupeření s Tegucigalpa pro postavení národního kapitálu, ale jen v 1880 byl kapitál nakonec přenesený do Tegucigalpa. Město také utrpělo škodu v důsledku několika zemětřesení a opakovaných požárů.
Koloniální budovy zahrnují významnou španělskou barokní katedrálu (1715), čtyři kostely ze 16. století a bývalou univerzitu - první ve Střední Americe, která byla založena v roce 1632. Comayagua vyrábí léčiva, obuv, pryskyřice, cementové výrobky a keramiku; to je obchodní centrum pro západní Honduras. Ve městě se nachází národní zemědělské centrum. Velká část města, včetně katedrály a centrálního parku, byla zrekonstruována, aby obnovila koloniální atmosféru města a jedinečné kouzlo.
Městem prochází Inter-Oceanic Highway. Comayagua má také letiště, které bylo na počátku 80. let povýšeno na vojenskou leteckou základnu. Hned za Comayagua je Palmerola, hlavní americká vojenská základna v Hondurasu, která je sdílena s honduranským letectvem. Pop. (2001) 55 368; (2013) 92,883.