Rada Trentu.
V květnu 1536 papež Paul zveřejnil býka svolání, aby se jeho navrhovaná rada konala v Mantově. Také pověřil vybranou skupinu kardinálů, aby vypracovala zprávu o zneužívání v kostele. Tato skupina, vedená kardinálem Gasparem Contarinim, odsoudila vysvěcení špatně připravených kněží, výběr neschopných biskupů, hromadění dobrodinců a úpadek náboženských řádů, kázání a péči o duše. Zpráva však padla do rukou protestantů a Luther ji použil při násilném útoku na římskou církev a papežství. Nicméně, papež uskutečnil jeho plány držet radu, naplánovaný k otevření 23. května 1537, u Mantua. Paul se s nekonečnou trpělivostí snažil překonat odpor císaře, králů, prelátů a princů, proroguing a odklad otevírání rady znovu a znovu v průběhu devíti let, ale nakonec uspěl v tom, že jej slavnostně otevřel jeho legát, kardinál Giovanni del Monte, v Trentu 13. prosince 1545.
Císař na rozdíl od doprovodu protestantů trval na tom, aby se rada omezila hlavně na disciplínu a reformu. Přesto rozhodlo papežovo rozhodnutí, že doktrinálním záležitostem bude dána přednost, a na jeho prvních zasedáních Trentská rada vytrhla vyhlášky o kánonu Písma, o původním hříchu, o ospravedlnění a svátostech ao reformě. Obavy z moru a hrozby útoku ozbrojených protestantských sil přiměly papeže, aby v únoru 1548 přijal převedení rady do Boloně. Císař však zakázal španělským a německým prelátům jít do Bologny a papež musel pozastavit Radu 17. září 1549. Nicméně tato první fáze Trentské rady dosáhla podstatného kroku vpřed, což vedlo k důkladné reformě církevního učení a disciplíny.
Během svého pontifikátu papež Paul často navštěvoval problémová místa v papežských státech i za nimi. Byl v Civitavecchii v letech 1535 a 1537; navštívil Luccu a Piacenzu na cestě do Nice v roce 1538; objevil se v Perugii, aby uklidnil město poté, co jeho síly v roce 1540 zlomily moc rodiny Colonna; a v roce 1543 navštívil Bolognu na cestě do Busseta, aby se setkal s císařem.
