Vlajka byla přijata územní radou v roce 1967. Jeho nerovné svislé pruhy jsou označovány jako „kanadský bledý“, protože odpovídají těm, které jsou na kanadské národní vlajce. (V heraldice je bledý svislý středový pruh na štítu, obvykle pokrývající jednu třetinu nebo méně plochy.) Zelený pruh v vlajce Yukon je pro lesy území, zatímco modrý pro řeky a jezera; bílá je pro polární sníh. Centrálním znakem je oficiální znak Yukon, který byl udělen na území 24. února 1956 královským rozkazem. Tento erb navrhl velitel Alan B. Beddoe, zatímco vlajkou byl koncept pana Lynna Lamberta, studenta Haines Junction.
Hřeben erbu má Malamute pes, který byl široce používán při otevírání Yukonského území bohatého na minerální látky k evropskému bydlení. Vlnitý svislý pruh na štítu znamená řeku Yukon, červené trojúhelníky naznačují hory a zlaté disky odkazují na zlato a jiné minerály. Kříž sv. Jiří (Anglie) plus heraldický symbol pro srst a teritoriální květ (ohnivá řepa) dotváří design erbu.
