Klasifikace podle „přirozených znaků“
Linnaeus nepovažoval sexuální systém za svůj hlavní příspěvek k „reformaci botaniky“, do které usiloval. Jeho hlavní příspěvek přišel ve formě brožury Fundamenta Botanica (1736; „Základy botaniky“), která vymezovala zásady a pravidla, která je třeba dodržovat při klasifikaci a pojmenování rostlin.
V 1735 Linnaeus se setkal s Boerhaave, kdo představil Linnaeuse k George Cliffordovi, místní anglický obchodník a bankéř, který měl blízké spojení s holandskou východní indickou společností. Linifův dojem, který Linnaeus věděl, nabídl Linnaeusovi pozici kurátora botanické zahrady. Linnaeus tuto pozici přijal a využil této příležitosti k rozšíření některých kapitol Fundamenta Botanica v samostatných publikacích: Bibliotheca Botanica (1736; „Botanická knihovna“); Critica Botanica (1737; „Kritérium botaniky“), botanická nomenklatura; and Classes Plantarum (1738; „Třídy rostlin“). Teoretický rámec stanovený v těchto knihách použil ve dvou dalších publikacích: Hortus Cliffortianus (1737), katalog druhů obsažených v Cliffordově sbírce; a rody Plantarum (1737; „Rody rostlin“), které modifikovaly a aktualizovaly definice rostlinných rodů, které Tournefort poprvé nabídl.
Genera Plantarum byl Linnaeusem považován za jeho vrcholný taxonomický úspěch. Na rozdíl od dřívějších pokusů jiných botaniků o generickou definici, která probíhala souborem libovolných divizí, představila Genera Plantarum systém založený na tom, co Linnaeus nazval „přirozenými postavami“ rodů - morfologickými popisy všech částí květin a ovoce. Na rozdíl od systémů založených na libovolných divizích (včetně vlastního sexuálního systému) by systém založený na přirozených charakterech mohl pojmout rostoucí počet nových druhů - často majících různé morfologické znaky - vylévajících do Evropy z jejích zámořských obchodních míst a kolonií.
Linnaeusovo rozlišení mezi umělou a přirozenou klasifikací organismů však vyvolalo otázku mechanismu, který organismům umožnil upadnout do přirozené hierarchie. Na tuto otázku mohl odpovědět pouze s ohledem na druh: druh, podle Linnaeus, byl ve formě podobný, protože pocházel ze stejného rodičovského páru vytvořeného Bohem na začátku světa. Mnoho z jeho současníků sdílelo podobný druhový koncept. Jednou takovou pozoruhodnou osobností byl francouzský přírodovědec Georges-Louis Leclerc de Buffon, který se tehdy účastnil podobného všeobjímajícího projektu přírodní historie - ačkoli Buffon pochyboval o existenci přírodních rodů, řádů nebo tříd. Linnaeus se pokusil vysvětlit existenci těchto divizí v kontextu hybridizace; otázka přirozených hierarchií by však nedostala uspokojivou odpověď, dokud anglický přírodovědec Charles Darwin nevysvětlil podobnost obyčejným původem ve svém Původu druhů (1859).
